Cette école doit sa création à  Jacques Neno, enseignant palestinien,  dans le cadre de l'ONG «Les enfants, le jeu et l'éducation»  (EJE). EJE est membre, depuis l’origine de «La voix de l’enfant», association fédérative dont Stéphane Hessel était le président d'honneur. L’école n’était alors qu’un jardin d’enfants, l’essentiel des activités de l’ONG, alors soutenue activement par le Consul général de France à Jérusalem étant consacré à des centres d’enfants dans les camps de réfugiés.  L’ONG comprenait l’école Le Petit Prince, une auberge de jeunesse, ouverte en 2011, qui contribuait au financement de l’école, un centre de commerce équitable de sacs et de sandales en cuir, destiné également à apporter des  ressources pour l’école et quelques activités d’éducation non formelle. Jacques Neno a peu à peu concentré ses activités sur le fonctionnement et le financement de l’école Le Petit Prince. L’école a ainsi bénéficié d’une tradition d’éducation populaire dont Jacques Neno est issu. Cette tradition transparaît dans le projet d’établissement: «Un enfant qui joue est un enfant qui revit». L’école se fixe comme mission: «de permettre aux enfants de devenir des citoyens responsables et épanouis» et «de grandir en humanité», selon les mots employés dans la plaquette de présentation de l’école.

Le choix du nom de l’école dit le ton du projet : «  On ne voit bien qu’avec le cœur » écrivait Saint Exupéry. L’idée centrale est de donner à l’enfant toute sa place dans la construction de ses apprentissages et également dans les moments de jeux et de sport. Dans cette école, il y a des règles du vivre ensemble et les adultes les font respecter. Le plaisir des enfants de venir à l’école fait partie du projet. C’est un des objectifs premiers de l’école qui  vient en réaction à la pédagogie traditionnelle pratiquée dans les écoles publiques palestiniennes. Ces écoles pratiquent surtout une pédagogie de la répétition, du travail de la mémoire et de ce travail seulement. Les effectifs y sont  importants (40 élèves par classe, parfois plus) et il n’y a que peu de place pour l’imagination créatrice. Ces écoles ne sont pas mixtes.  Les autorités palestiniennes demandaient que soit inscrite à l’emploi du temps une heure de religion musulmane. L’école « Le Petit Prince » refusait qu’elle soit obligatoire et seuls les enfants dont les parents le souhaitent suivent cet enseignement. Un coût d’inscription relativement faible avait été décidé pour permettre aux enfants de milieux modestes de pouvoir accéder à une scolarisation dans l’école. C’était une école laïque promotionnant la mixité de genre comme la mixité sociale. Elle a cessé ses activités à cause de problèmes administratifs et financiers.

Anne-Marie Houillon, vice-présidente déléguée de la Ligue de l’enseignement en charge de l’international, ancienne directrice adjointe de l’Institut Universitaire de Formation des Maîtres (IUFM) de Bourgogne, et Michèle Sellier, ancienne recteure, inspectrice générale de l'Education nationale (IGEN) honoraire, membre du conseil d'administration de la MLF sont toutes deux membres de l’assemblée générale de la Mission laïque française (MLF) et de l’association «inspecteurs de l’éducation sans frontières» (IESF). Elles ont inspecté l’école Le Petit Prince du 5 au 16 juin 2014. Un résumé de leur rapport est disponible sur le présent site. Le rapport complet peut être obtenu auprès de la Ligue de l’enseignement.