Dans les années 1900-1914 cette querelle atteint son paroxysme. Avec le gouvernement d’Emile COMBES (1902-1905), la République anticléricale veut démanteler les congrégations religieuses et leur interdire tout accès à l’enseignement (même privé), certains courants allant jusqu’à revendiquer le monopole de l’enseignement public. Après 1905, l’Eglise, rendue plus libre de ses mouvements grâce à la loi de séparation, se lance dans la dénonciation des manuels de l’école laïque, crée des associations de pères de familles pour dénoncer les instituteurs qui les utilisent, et multiplie les pressions pour empêcher les fidèles de fréquenter l’école publique. La Ligue de l'enseignement s’inscrit alors pleinement dans l’anticléricalisme républicain, et en relaie les principales revendications, sans aller toutefois jusqu’au monopole de l’enseignement : elle reste fidèle en ce sens au principe de la liberté d’enseignement posé par les lois FERRY et défendu par Ferdinand BUISSON, impliquant l’existence de l’école privée mais non son financement par l’Etat. D’autre part, elle organise la « défense laïque » de l’école face aux attaques du clergé et crée des associations laïques de pères de familles. Elle s’efforce aussi de réfléchir à l’enseignement d’une morale laïque, fondée sur des valeurs suffisamment rassembleuses pour rendre l’école publique attractive pour tous. Toutefois, les divergences internes au camp républicain freinent parfois l’unité d’action du monde laïque.

Après l’Union sacrée de la guerre 1914-1918, la querelle reprend de plus belle car l’Eglise, bien que travaillée par des courants divers, n’accepte toujours pas la laïcité de l’Ecole publique, que certains curés dénoncent toujours comme une école impie ou une école athée. L’Eglise et certains milieux confessionnels revendiquent également la « proportionnelle scolaire », c’est à dire une répartition de l’argent public entre l’école publique et l’école privée, en fonction de leur fréquentation respective. Cette reprise du combat fait naitre en 1935 un « Front laïque » qui se superpose l’année suivante au « Front populaire » et qui rassemble autour de la Ligue de l'enseignement, le Syndicat National des Instituteurs, désormais reconnu comme interlocuteur officieux de l’Etat, ainsi que d’autres groupement laïques. Ce rassemblement milite notamment pour l’extension des lois de Jules FERRY aux départements recouvrés d’Alsace- Moselle, où subsiste un enseignement confessionnel particulier, et pour la défense de l’Ecole publique dans les départements de l’Ouest où elle est parfois menacée dans son existence même par l’Ecole privée catholique. Un autre axe du combat laïque est alors la dénonciation des « infiltrations catholiques » dans l’enseignement public.

En 1939 comme en 1914, l’Ecole publique reste très largement majoritaire dans le pays. Les lois antilaïques prises par le gouvernement de Vichy portent atteinte à cet équilibre en organisant pour la première fois le financement public de l’école privée.