En 1879, les républicains ont la majorité dans toutes les Assemblées, et le gouvernement de Jules Ferry est formé l’année suivante : l’adoption des lois scolaires laïques commence. La Ligue de l'enseignement ne manque pas de leur apporter son soutien, sans s’impliquer directement dans les débats parlementaires.  

Pour elle, s’ouvre le temps de la reconnaissance officielle. Le 4 juin 1880, le cercle parisien est reconnu d’utilité publique. Du 18 au 21 avril 1881 peut enfin se tenir à Paris le premier congrès national qui constitue la Ligue française de l’Enseignement sous la forme d’une fédération de sociétés. Les débats, houleux, aboutissent à un compromis entre les tendances centralisatrices du cercle parisien et les tendances décentralisatrices incarnées par certains cercles provinciaux. Les statuts ne prévoient pas de structuration intermédiaire au niveau départemental, chaque société d’instruction adhère directement à la Ligue de l'enseignement, et détient le même pouvoir dans les votes, quelle que soit sa taille. Une direction de 30 membres – appelée le « conseil général » - est élue par les congrès qui se tiennent chaque année et qui, par le choix de villes différentes, vont contribuer à nationaliser l’influence du mouvement.

Quoique très lâche, cette structuration est supérieure à celle des partis politiques qui ne sont pas encore, à l’époque, organisés à l’échelle nationale, et à celle des syndicats, dont la légalisation ne date que de 1884. Elle fait de la Ligue de l’enseignement une sorte de « parti de l’idée républicaine », appelé selon le mot de Jean Macé, «  à faire les électeurs, non à faire les élections » et dont la vocation est de rassembler les républicains de toutes nuances au service de l’Ecole laïque et de l’éducation populaire. La Ligue de l'enseignement regroupe en 1886 près de 1200 sociétés et mène une activité intense sur des thématiques que l’Ecole n’aborde pas directement ou remplit mal : lecture et conférences destinées aux adultes, enseignement professionnel, éducation physique et militaire. Le climat de la « Revanche » pèse de tout son poids et la devise de la Ligue de l'enseignement devient « Pour la Patrie, par le Livre et par l’Epée ».