A cours de la première guerre mondiale, l’anticléricalisme est remplacé par L’Union sacrée. La Ligue de l'enseignement participe du climat général et relaie la propagande patriotique avec enthousiasme.  Elle abrite à Paris une Union Nationale des grandes associations de toutes tendances sur la base d’un même cri de ralliement : « Toute la France debout pour la victoire du droit ! ». Elle crée notamment une Ligue nationale contre la propagande ennemie, qui chapeaute des conférenciers soutenant le moral du pays contre le défaitisme. En novembre 1918, au lendemain de l’Armistice, elle organise à Paris « une quinzaine en l’honneur de l’Alsace-Lorraine ».

Cette guerre laissera des traces durables. De nombreuses œuvres laïques ne s’en remettront pas et l’état-major de la Ligue de l'enseignement perd plus ou moins le contact avec la base, celle des instituteurs engagés localement sur le terrain. Au lendemain du conflit, ceux-ci réagissent contre l’Union sacrée et versent dans le pacifisme. Ce trait sera l’un des facteurs de la refondation de la Ligue de l'enseignement dans les années 1920, sous la forme d’une Confédération d’œuvres laïques organisées sur le plan départemental.