Le tournant des XIXè et XXè siècles est marqué par une reprise du combat anticlérical. La Ligue de l’enseignement s’y engage fortement lors du débat qui va aboutir à la loi du 1^er juillet 1901, consacré à la fois à établir la liberté d’association et à lutter contre les congrégations non autorisées. La Ligue de l'enseignement mène alors une action de pression parlementaire intense pour obtenir le vote de ce qui deviendra l’article 14 de cette loi, interdisant l’enseignement aux congrégations non autorisées. C’est le début d’un engagement qui la poussera ensuite à soutenir les autres lois contre les congrégations des années 1902-1904, votées à l’époque où Emile Combes est chef d’un gouvernement très anticlérical et où Ferdinand Buisson préside la Ligue de l'enseignement. Ce dernier est également, en tant que député,  le rapporteur de la loi du 7 juillet 1904, qui interdit  toute forme d’enseignement aux congréganistes, y compris dans les écoles privées. La Ligue de l'enseignement apporte son soutien à ces mesures. Elle s’efforce en même temps dans ses congrès de dégager des points de vue consensuels entre les Républicains sur les objectifs à atteindre dans l’anticléricalisme scolaire. Quant à la liberté d’association établie par la loi de 1901, elle ne constitue pas un point de départ absolu pour la Ligue de l'enseignement, dont la plupart des associations adhérentes étaient autorisées par les pouvoirs publics, mais elle permet à celles-ci d’acquérir un statut juridique légal.