Plusieurs facteurs au début des années 1920 relancent le combat anticlérical: offensive de l’Eglise catholique en faveur de la « représentation proportionnelle scolaire » (impliquant des subventions publiques aux écoles confessionnelles), affirmation d’une présence catholique dans les établissements publics, non-application des lois laïques en Alsace-Moselle…

C’est dans ce contexte que la Ligue de l’enseignement, affaiblie par la guerre, va se restructurer plus solidement, sous la forme d’une confédération associative dont les composantes fondamentales dans les territoires seront désormais les fédérations départementales d’œuvres laïques (les FOL). Le processus prend du temps. Lancé par quelques fédérations de l’actuelle région Rhône-Alpes (Loire, Rhône, Isère), déjà nées avant la guerre, il s’appuie sur l’engagement des instituteurs et de grands élus républicains de gauche, comme Herriot à Lyon. Un premier congrès national des œuvres laïques post-scolaires a lieu à Saint-Etienne, en avril 1925, suivi du congrès de la Ligue de l’enseignement à Paris, en décembre. C’est seulement au congrès de mai 1926, qui se tient à nouveau à Saint-Etienne, qu’un accord définitif est trouvé, jetant les bases de la Confédération. Celle-ci sera reconnu d’utilité publique en 1930. Désormais, l’affiliation à la Ligue de l’enseignement se fait obligatoirement par le biais d’une fédération départementale. En 1939, tout le territoire est organisé en fédérations, grâce à l’action conjointe des militants laïques, du Syndicat national des instituteurs, des Inspecteurs d’Académie et des principales forces de gauche.