Le tournant des XIXè et XXè siècles est marqué par une reprise du combat anticlérical. La Ligue de l’enseignement s’y engage fortement lors du débat qui va aboutir à la loi du 1er juillet 1901, consacré à la fois à établir la liberté d’association et à lutter contre les congrégations non autorisées. Elle permet à la Ligue de l'enseignement de rassembler des associations laïques, instruments d'éducation civique et de coordination entre l'Etat et le citoyen. Cette loi représente donc une étape décisive pour la lutte anticléricale et crée un nouveau rapport de force sur les territoires.