Porteuse de l’idéal républicain, La Ligue de l’enseignement est après la défaite de 1940, une des cibles de choix du gouvernement de Vichy, qui cherche à lui substituer par un décret d’octobre 1940 une fédération nationale des œuvres scolaires entièrement étatisée. La dissolution de la Ligue de l’enseignement et de ses filiales n’intervient pourtant qu’entre avril et juillet 1942. Le siège parisien est occupé et saccagé par des organisations maréchalistes. Les archives avaient été pillées par les Allemands dès 1940[1]. Tandis que des ligueurs à titre individuel entrent dans la Résistance, qu’une infime minorité collabore avec le régime, et que d’autres tentent de sauver les meubles, l’attitude des autorités est en fait assez variable d’un département à l’autre. Les FOL peuvent parfois se reconstituer plus ou moins clandestinement en pratiquant l’entrisme à l’intérieur des structures vichystes. En 1944, au moment de la Libération du territoire, les transferts des biens dévolus aux organes formées par le régime ne sont  la plupart du temps pas achevés. Dans l’intervalle, après le débarquement anglo-américain en Afrique du Nord, la Ligue de l’enseignement s’est reconstituée à Alger où se forme un bureau provisoire en 1943 à l’initiative de Marc Rucart, un ancien ministre du Front populaire, tandis qu’Albert Bayet en métropole lance au printemps 1944 un « appel aux laïques de France ». Elle retrouve pleinement sa légitimité républicaine à la Libération : le premier congrès de la Ligue de l’enseignement reconstituée a lieu à Paris en septembre 1945 en présence du Général de Gaulle et de plusieurs ministres. A cette occasion, le chef du gouvernement provisoire s’écrie : « Honneur à la Ligue de l’enseignement ».