Pour le bicentenaire de la Révolution, la Ligue de l’enseignement créé, dans tous les départements, avec la Ligue des droits de l’Homme, des comités « Liberté-Egalité-Fraternité » (CLEF) qui organisent de nombreuses conférences, expositions, fêtes… et publie avec le journal Le Monde, pendant toute l’année 1989, un mensuel « Le Monde de la Révolution française ».

Au congrès de Toulouse, après de larges débats dans les fédérations départementales, la Ligue de l’enseignement considère qu’on ne peut réduire la laïcité à la seule querelle scolaire, et se prononce pour une laïcité conjuguant citoyenneté et solidarité dans une véritable démocratie. Ce Congrès marque le tournant, initié depuis l'échec du Spulen, dans le combat laïque de la Ligue de l’enseignement. Elle développera peu à peu un plaidoyer pour défendre une laïcité d'intégration qui lutte contre toute forme de discrimination. Suite à l’affaire du voile de Creil à la rentrée, elle organisera également les « Assises de la laïcité plurielle ».